Đặc khu Liên bang được chia thành 16 "delegaciones" hay các khu. Mặc dù các khu này chưa đủ chức năng để tương đương với một khu đô thị tự trị, song 16 khu này có một số quyền tự trị đáng kể. Từ năm 2000, người đứng đầu các khu đã được bầu theo hình thức phổ thông đầu phiếu (trước đó do Thị trưởng Quận Liên bang bổ nhiệm). Thành phố México được định nghĩa tương đương với Đặc khu Liên bang, hầu hết các dịch vụ công của thành phố được đáp ứng bởi Chính quyền Đặc khu Liên bang chứ không phải bởi chính quyền cấp khu, điều này ngược lại với các bang khác ở México vì chính quyền các đô thị tự trị thuộc các bang là cấp chủ yếu phục vụ các dịch vụ công. 16 khu của Đặc khu Liên bang là:

• Álvaro Obregón
• Azcapotzalco
• Benito Juárez
• Coyoacán
• Cuajimalpa
• Cuauhtémoc
• Gustavo A. Madero
• Iztacalco
• Iztapalapa
• Magdalena Contreras
• Miguel Hidalgo
• Milpa Alta
• Tláhuac
• Tlalpan
• VenustianoCarranza
• Xochimilco

Các khu được chia tiếp thành hàng trăm colonias hay các khu phố, chính quyền đơn vị này không có quyền tự quản hay đại diện. Tên của đơn vị hành chính này có nghĩa là "thuộc địa" hay "khu kiều dân", xuất hiện từ cuối thế kỷ 19 đến đầu thế kỷ 20 khi một trong những khu đô thị phát triển đầu tiên bên ngoài trung tâm thành phố là dành cho những người thực dân Pháp định cư. Một vài colonias được biết đến như: Condesa được biết đến với kiểu kiến trúc Art Deco và là một trung tâm nghệ thuật của thành phố; Santa Fe là một tring tâm thương mại và tài chính đang phát triển; Roma là một trong những khu phố cổ nhất thành phố.